Одним из продуктов MikroTik является RouterOS — сетевая операционная система на базе Linux. RouterOS предназначена для установки на маршрутизаторы MikroTik RouterBoard. Также данная система может быть установлена на ПК, превращая его в маршрутизатор с функциями брандмауэра, VPN-сервера/клиента, QoS, точки доступа и другими. Система также может служить в качестве Captive-портала на основе системы беспроводного доступа. Операционная система имеет несколько уровней лицензий с возрастающим числом функций. Кроме того, существует программное обеспечение под названием Winbox, которое предоставляет графический интерфейс для настройки RouterOS. Доступ к устройствам под управлением RouterOS возможен также через Веб интерфейс, FTP, Telnet, и SSH. Существует также API, позволяющий создавать специализированные приложения для управления и мониторинга.

RouterOS поддерживает множество сервисов и протоколов, которые могут быть использованы средними или крупными провайдерами — таких, как OSPF, BGP, VPLS/MPLS. RouterOS — достаточно гибкая система, и очень хорошо поддерживается Mikrotik, как в рамках форума и предоставления различных Wiki-материалов, так и специализированных примеров конфигураций.

RouterOS обеспечивает поддержку практически всех сетевых интерфейсов на ядре Linux. Из беспроводных чипсетов поддерживаются решения на основе Atheros и Prism (по состоянию RouterOS версии 3.x). Mikrotik также работает над модернизацией программного обеспечения, которая обеспечит полную совместимость устройств и ПО Mikrotik с набирающими популярность сетевыми технологиями, такими как IPv6.

RouterOS предоставляет системному администратору графический интерфейс (WinBox) для наглядной и быстрой настройки файервола, маршрутизации и управления QoS. В том числе, в интерфейсе WinBox практически полностью реализована функциональность Linux-утилит iptables, iproute2, управление трафиком и QoS на основе алгоритма HTB.